Τὸ τέλος τοῦ 18ου αἰ. ἔφερε στροφὴν εἰς τὴν περὶ τὸ προσκυνηματικὸν καθεστὼς ἐξέλιξιν τῶν διπλωματικῶν πραγμάτων, πρὸς τὴν παγίωσιν τοῦ καθεστῶτος, ὡς σήμερον γνωρίζομεν τοῦτο, ἤρχισε δὲ καὶ τὴν διαδικασίαν ἐσωτερικῆς ὀργανώσεως καὶ οἰκονομικῆς ἀνορθώσεως τοῦ Πατριαρχείου.
Ἡ Συνθήκη τοῦ Κιουτσούκ Καϊναρτζῆ τῷ 1774 ὑπεχρέωνε τὴν Τουρκίαν νὰ δεσμευθῇ περὶ τῆς βελτιώσεως τοῦ βίου τῶν Χριστιανῶν ὑπηκόων της καὶ νὰ ἀναγνωρίσῃ εἰς τὴν Ρωσίαν πρόσωπον προστάτου τῶν Χριστιανῶν τῶν Ἁγίων Τόπων.
Oἱ Λατῖνοι καὶ οἱ Ἀρμένιοι κατέβαλον προσπαθείας ἐπεμβάσεως εἰς τὸν Φρικτὸν Γολγοθᾶν, εἰς Γεθσημανῆν καὶ Βηθλεέμ, ἀλλ’ ἀπέτυχον. Οἱ Ἀρμένιοι, προσπαθοῦντες, κατὰ πᾶσαν πιθανότητα, νὰ ἀποκτήσωσι περισσότερα δικαιώματα εἰς τὸν Πανάγιον Τάφον μέσῳ συμμετοχῆς των εἰς τὴν ἀνοικοδόμησιν αὐτοῦ μετ’ ἐνδεχομένην καταστροφήν, ἔθηκαν πῦρ εἰς τὸν Ναὸν τῆς Ἀναστάσεως, ἀποτελούμενον τότε κατὰ μέγα μέρος ἀπὸ ξυλίνων μερῶν, ἐν ἔτει 1808. Τὸ ὑπὸ τοῦ Σουλτάνου Μαχμούτ Β’ ἐκδοθὲν διάταγμα (1809) περὶ ἀνοικοδομήσεως τοῦ Πανσέπτου Ναοῦ τοῦ Παναγίου Τάφου ὑπὸ μόνων τῶν Ἑλλήνων, ὡδήγησεν εἰς ἔντονον ἀντίδρασιν τῶν Λατίνων καὶ τῶν Ἀρμενίων, προσπαθούντων παντὶ τρόπῳ, ἀκόμη καὶ διὰ βιαιοπραγιῶν εἰς βάρος τῶν Ἑλλήνων ἐργατῶν, νὰ παρακωλύσουν τὴν ἐπισκευὴν τοῦ Ναοῦ, ἄχρις ὅτου ἐπιτύχουν τὴν ἔκδοσιν εὐνοϊκωτέρου πρὸς αὐτοὺς φιρμανίου περὶ ἀνακατασκευῆς τοῦ Ναοῦ. Τελικῶς, ὁ Πάνσεπτος Ναὸς τῆς Ἀναστάσεως, οἰκοδομηθεὶς δι’ ἱδρῶτος, αἵματος καὶ χρημάτων τοῦ ὑστερήματος τοῦ ὑποδούλου «Γένους τῶν Ρωμαίων», ἐνεκαινιάσθη τὴν 13ην Σεπτεμβρίου τοῦ 1810, ἡμέραν μνήμης τῶν Ἐγκαινίων τοῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως, χαρακτηρισθεὶς ὡς «τὸ θαῦμα τῆς Πίστεως τῶν Ἑλλήνων».
Ἡ Ἐπανάστασις τοῦ 1821, θέσασα τοὺς Ἁγιοταφίτας, μετὰ τῶν λοιπῶν Ἑλλήνων, ὑπὸ τὴν δυσμενῆ κατηγορίαν τῆς κατὰ τῆς Ὑψηλῆς Πύλης προδοσίας, ἤνοιξε τὸ πεδίον εἰς τοὺς ἑτεροδόξους διὰ τὴν πολυπόθητον αὐτοῖς ἔξωσιν τῶν Ἑλλήνων ἐκ τῶν Ἁγίων Τόπων, ἐνῷ οἱ Ἁγιοταφῖται ὑφίσταντο τὰ πάνδεινα ὑπὸ τῶν Τούρκων. Οἱ Ἀρμένιοι κατέλαβον μέρος τῆς Σιών τῷ 1824 καί προσεπάθησαν νά καταλάβουν καί τόν Γολγοθᾶν, ἀπέκτησαν δέ τά αὐτά τοῖς Λατίνοις δικαιώματα εἰς τόν Πανάγιον Τάφον. Τῷ 1834, ὅτε ἡ Παλαιστίνη εὑρίσκετο εἰς τὰς χεῖρας τοῦ Ἰμπραὴμ Πασᾶ τῆς Αἰγύπτου, καὶ ἐπ’ εὐκαιρίᾳ τῶν εἰς τὰ Προσκυνήματα ἐργασιῶν ἀνοικοδομήσεως, ἀπαραιτήτων μετὰ τὸν σεισμόν τοῦ 1834, Λατῖνοι καὶ Ἀρμένιοι ὁμοῦ προσεπάθησαν νὰ ἀποκτήσουν πλήρη κυριαρχίαν ἐπὶ τῶν ἱερῶν Προσκυνημάτων. Ἡ πίεσις τῶν εὐρωπαϊκῶν δυνάμεων ἐπὶ τῆς Τουρκίας ὡδήγησεν εἰς τὴν ἐπανίδρυσιν τοῦ καταργηθέντος, μετὰ τὰς σταυροφορίας, Λατινικοῦ Πατριαρχείου ἐν ἔτει 1847, ἐνῷ οἱ συνεργαζόμενοι Ἄγγλοι (Ἀγγλικανοί) καὶ Γερμανοὶ (Λουθηρανοί) Προτεστάνται, ὡς καὶ οἱ Οὐνῖται, εἶχον ἐμφανισθῆ ἤδη εἰς τὴν Ἁγίαν Γῆν κατὰ τὸ ἔτος 1840. Παρὰ ταῦτα, οἱ Ἅγιοι Τόποι εὕρισκον ἰδιαιτέρως τὴν περίοδον αὐτήν, ὡς καὶ παλαιότερον, ἰσχυρὰν ὀρθόδοξον βοήθειαν ὑπὸ τῆς Αὐτοκρατορίας τῆς Ρωσίας, τῆς ὁποίας ἡ ἀνάμειξις, δυστυχῶς, δὲν ἦτο παρὰ ταῦτα καὶ παντελῶς ἀνιδιοτελής.
Ἡ ἔλευσις εἰς Ἱεροσόλυμα τοῦ Ρώσου Ἀρχιμανδρίτου Πορφυρίου Οὐσπένσκι ἐν ἔτει 1843 καὶ ἡ ἵδρυσις τῆς Ὀρθοδόξου Ρωσικῆς Ἀποστολῆς ἐν ἔτει 1848 ἐνεδυνάμωσαν τὴν Ὀρθόδοξον παρουσίαν, ταυτοχρόνως ὅμως ἐκαλλιεργήθη ὑπὸ τῆς Ρωσικῆς Ἀποστολῆς κλῖμα τεχνητῆς ἀντιπαραθέσεως μεταξὺ τῆς ἑλληνοφώνου Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος καὶ τοῦ ἀραβοφώνου αὐτῆς ποιμνίου, ὥστε νὰ εἶναι εὔκολος ἡ ἀνάμειξις τῶν ρωσικῶν συμφερόντων εἰς τὰ ἐκκλησιαστικὰ τῶν Ἱεροσολύμων πράγματα καὶ ἡ πρόσδεσις τοῦ ποιμνίου εἰς τὸ ἅρμα τῆς Ρωσίας· ἡ πολιτικὴ αὕτη, ἡ ὁποία ἐκ τῶν ὑστέρων ἔτυχε δυσμενοῦς κριτικῆς καὶ ἐν αὐτῇ τῇ Ρωσίᾳ, εἶχεν ὡς ἀποκορύφωμα τὰ γεγονότα τοῦ τέλους τῆς πατριαρχίας τοῦ ἐπιφανεστάτου Πατριάρχου Ἱεροσολύμων Κυρίλλου Β’, ὁ ὁποῖος, παρασυρθεὶς ὑπὸ τῶν Ρώσων διπλωματῶν ἐν Κωνσταντινουπόλει, ἀπέφυγε τὴν συμμετοχὴν εἰς τὴν ἐν ἔτει 1872 ἐν τῇ Βασιλευούσῃ συνοδικὴν καταδίκην τοῦ Βουλγαρικοῦ σχίσματος καὶ τοῦ ὑποκρυπτομένου ὄπισθεν αὐτοῦ ἐθνοφυλετισμοῦ καὶ πανσλαβισμοῦ. Τοῦτο, βεβαίως, ὡδήγησε τὸν Κύριλλον Β’ εἰς σύγκρουσιν μετὰ τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος, ἡ ὁποία, πρῶτον μὲν μετὰ ἀπὸ Σύναξιν αὐτῆς (1872) ἀπεφάσισε καὶ ἐν τέλει ἔφερεν εἰς πέρας τὴν ἐκθρόνισιν τοῦ Πατριάρχου Κυρίλλου, παρὰ τοὺς γενομένους ὑπ’ αὐτοῦ καὶ τῆς τουρκικῆς ἀστυνομίας διωγμοὺς τῶν ἀδελφῶν, ἔπειτα δὲ καὶ ἐξέλεξεν (1873) ὡς διάδοχον αὐτοῦ τὸν Πατριάρχην Προκόπιον Β’. Ἡ Ρωσία, ἀντιδράσασα εἰς τοῦτο, κατέσχε τὰ κτήματα τοῦ Παναγίου Τάφου ἐν Βεσσαραβίᾳ καὶ Καυκάσῳ, τὰ ὁποῖα ἀνεκτήθησαν καὶ πάλιν τῷ 1875· τὸ αὐτὸ ἔτος ἡ Ὑψηλὴ Πύλη ἐπεκύρωσε τὸν νέον ἐσωτερικὸν «Κανονισμὸν τοῦ Ρωμαϊκοῦ Πατριαρχείου Ἱεροσολύμων».
Παρὰ ταῦτα ἡ μακρὰ πατριαρχία τοῦ Κυρίλλου Β’ (1845-1872) ὑπῆρξε καθοριστική, καὶ ἐν τοῖς πλείοσιν ὠφέλιμος διὰ τὸ Πατριαρχεῖον Ἱεροσολύμων· ἐπὶ τῶν ἡμερῶν του, μεταξὺ ἄλλων, ἱδρύθη (1853) τὸ Πατριαρχικὸν Τυπογραφεῖον, τὸ παλαιότερον ἐν Παλαιστίνῃ, καὶ ἡ Θεολογικὴ Σχολὴ τοῦ Τιμίου Σταυροῦ (1855), θεολογικὸν φυτώριον μεγάλων ἐπιστημόνων τῆς καθόλου Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας, ἐγκατελείφθη δὲ καὶ τὸ ἔθος τῆς ἐκλογῆς Πατριάρχου Ἱεροσολύμων ἐν Κωνσταντινουπόλει, τὸ ὁποῖον εἶχεν ἐπικρατήσει κατὰ τοὺς δύο τελευταίους αἰῶνας, ὥστε νὰ ἐνισχύηται ἡ Σιωνῖτις Ἐκκλησία ὑπὸ τοῦ κέντρου τῆς Ρωμηοσύνης, τοῦ Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως.
Αἱ διεθνεῖς πολιτικαὶ σχέσεις καὶ ἡ σφοδρὰ διπλωματικὴ διαμάχη Γαλλίας καὶ Ρωσίας τῷ 1851 διὰ τὴν προώθησιν τῶν συμφερόντων τῶν Λατίνων ἢ τῶν Ὀρθοδόξων ἀντιστοίχως, ὡδήγησαν εἰς νίκην τῶν τελευταίων, ὅτε τῷ 1852 ἐξεδόθη εὐνοϊκὸν ὑπὲρ τῶν Ρωμηῶν διάταγμα, (χάτι σερίφ), καὶ τῷ 1853 ἕν διάταγμα ἀκόμη, διασαφητικὸν τοῦ προτέρου, τὰ ὁποῖα, ὡς καθορίζοντα τὴν λειτουργίαν τῶν Προσκυνημάτων καὶ τὰ ἐπ’ αὐτῶν δικαιώματα τοῦ Ἑλληνικοῦ Πατριαρχείου καὶ τῶν χριστιανικῶν ὁμολογιῶν, συνιστοῦν οὐσιαστικῶς τὸ σημερινὸν Προσκυνηματικὸν Καθεστώς. Ἡ γενομένη τῷ 1856 Συνθήκη τῶν Παρισίων, ἐπεβεβαίωσε τὸ τότε ἰσχῦον Προσκυνηματικὸν Καθεστώς, τὸ ὁποῖον κατωχυρώθη καὶ ὑπὸ τοῦ Συνεδρίου τοῦ Βερολίνου τῷ 1878. Τὸ Καθεστὼς τοῦτο, δικαίως εὐνοοῦν τὴν ἀρχαιοτάτην ἐν τῇ Ἁγίᾳ Γῇ Ἐκκλησίαν, τὴν Ὀρθόδοξον, ἐπικυρωθὲν ἐκ νέου ὑπὸ τῆς Κοινωνίας τῶν Ἐθνῶν καί, ἀργότερον, ὑπὸ τοῦ Ὀργανισμοῦ Ἡνωμένων Ἐθνῶν (1947-1950), εὑρίσκεται καὶ σήμερον ἐν ἰσχύϊ, φυλαττόμενον ἐπιμελῶς ὑπὸ πασῶν τῶν χριστιανικῶν Κοινοτήτων, ὡς κλεῖς ἀσφαλείας τῶν λειτουργικῶν αὐτῶν δικαιωμάτων καὶ προσκυνηματικῶν συμφερόντων, ἐφ’ ὅσον «ὁ φυλάσσων τὴν τάξιν, καὶ φυλάσσεται ὑπ’ αὐτῆς».
Ἀξιόλογον δρᾶσιν ἐπέδειξε κατὰ τὸ τέλος τοῦ 19ου αἰ. ὁ Σκευοφύλαξ τοῦ Πανιέρου Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως Εὐθύμιος, ἀρξάμενος τῆς ἀνακαινίσεως τοῦ κτιριακοῦ συγκροτήματος τοῦ Πατριαρχείου καὶ περατώσας τὴν ἀνοικοδόμησιν πλείστων χώρων τοῦ χριστιανικοῦ τομέως τῆς παλαιᾶς Πόλεως τῶν Ἱεροσολύμων, ἀπὸ τῆς πύλης τῆς Ἰόππης (Πύλης Δαυίδ) πρὸς τὸν Ναὸν τῆς Ἀναστάσεως, ἕνεκα τοῦ ὁποίου καὶ ὁ τομεὺς οὗτος φέρεται εἰσέτι ὑπὸ τὸ ὄνομά του (“Aftimos”)· ἡ Σχολὴ τοῦ Τιμίου Σταυροῦ, ἡ ὁποία μετὰ μικρὰν διακοπὴν (1873) ἀνέλαβε τὰς ἐργασίας αὐτῆς ἐπὶ Πατριάρχου Γερασίμου (1891-1897), ἀργότερον διέκοψε καὶ πάλιν τὰς ἐργασίας της, ὅμως λαμβάνεται πάλιν μέριμνα ὑπὲρ τῆς ἐπαναλειτουργίας αὐτῆς· ὑπὸ τοῦ Ἱεροῦ Κοινοῦ τοῦ Παναγίου Τάφου, δηλαδὴ τῆς Ἀδελφότητος, ἐλήφθη μέριμνα καὶ ὑπὲρ τῆς διασφαλίσεως τῶν χειρογράφων καὶ λοιπῶν θησαυρῶν τοῦ Πατριαρχείου, καθὼς καὶ τῆς κτηματικῆς αὐτοῦ περιουσίας, ἡ ὁποία, ἕνεκα τῶν ἐν Παλαιστίνῃ ἐξελίξεων ἐν τῷ 20ῷ αἰῶνι, περιεπλάκη εἰς πολλὰς δυσκολίας· ταυτοχρόνως, τὸ Ὀρθόδοξον Ποίμνιον, ἀλλὰ καὶ τὸ ἐξ αὐτοῦ προελθὸν διὰ τῆς τῶν ἑτεροδόξων προπαγάνδας χριστιανικὸν ποίμνιον τῶν λοιπῶν χριστιανικῶν κοινοτήτων, τὸ ὁποῖον ἀποτελεῖ τὸ ἀντικείμενον τῆς ποιμαντικῆς φροντίδος τοῦ Πατριαρχείου Ἱεροσολύμων καὶ τὸν κορμὸν τῆς χριστιανικῆς μαρτυρίας αὐτοῦ ἐν τῇ ἁγίᾳ Γῇ, ἀντιμετωπίζει τὰς προκλήσεις τῆς αὐξανομένης θρησκευτικοπολιτικῆς κρίσεως καί, δυστυχῶς, ἀπομακρύνεται τῆς πατρογονικῆς χριστιανικῆς αὐτοῦ ἑστίας πρὸς ἐξεύρεσιν τοῦ εὖ ζῆν, μεταναστεῦον μακρὰν τῆς Ἁγίας Γῆς.