Οἱ σταυροφόροι ἐπέδειξαν ἔναντι τῶν ἡττηθέντων Μουσουλμάνων ἄκρως ἀντίθετον συμπεριφορὰν αὐτῆς, τὴν ὁποίαν εἶχε δείξει ὁ Ὁμὰρ Χαττὰπ εἰς τοὺς ἡττηθέντας Ρωμηοὺς τῶν Ἱεροσολύμων, καὶ προέβησαν εἰς φρικτὰς σφαγάς· ἀλλὰ καὶ ἡ Ὀρθόδοξος Ἐκκλησία ὑπέστη τὰ συμπαρομαρτοῦντα τῇ φραγκολατινικῇ παρουσίᾳ δεινά. Οἱ Πατριάρχαι Ἱεροσολύμων εὑρίσκοντο ἐν ἐξορίᾳ ἐπὶ 88 ἔτη εἰς Κωνσταντινούπολιν, τὴν δὲ θέσιν αὐτῶν εἰς Ἱεροσόλυμα ἀνεπλήρου, τῇ ἀδείᾳ τῶν σταυροφόρων, ὁ Ἡγούμενος τῆς Λαύρας τοῦ ἁγίου Σάββα. Ἡ ἐπιβολὴ τῆς λατινικῆς ἐκκλησίας ἐπὶ τοῦ Ὀρθοδόξου κλήρου ὑπῆρξε βιαία, καὶ τὰ Πάνσεπτα Προσκυνήματα παρεχωρήθησαν εἰς τὸν λατινικόν, μεταφερθέντα ἐκ τῆς Δύσεως, κλῆρον, ἐνῷ οἱ Ἁγιοταφῖται διετήρησαν τὸ δικαίωμα νά διαχειρίζωνται τὸν Ναὸν τῆς Εὑρέσεως τοῦ Τιμίου Σταυροῦ καὶ νὰ λειτουργοῦν ἑλληνιστὶ εἰς τὸν Πανάγιον Τάφον καὶ εἰς Βηθλεέμ· ἐπίσης διετήρησαν καὶ πολλὰς Μονὰς ἐκτὸς Ἱεροσολύμων, ἐντὸς δὲ τῆς Ἁγίας Πόλεως τὸ παρὰ τὴν πύλην Δαυὶδ μετόχιον τῆς Λαύρας τοῦ ἁγίου Σάββα, τὸ ὁποῖον ὑπῆρξε καὶ τὸ κέντρον των, καὶ τὴν Μονὴν τῆς Μεγάλης Παναγίας. Οἱ σταυροφόροι, θέλοντες νὰ προσεταιρισθοῦν τοὺς Ἀρμενίους καὶ Ἰακωβίτας, παρεχώρησαν εἰς αὐτοὺς Ναοὺς καὶ Μονάς. Σημαντικὸν γεγονὸς τῆς περιόδου αὐτῆς ὑπῆρξεν ἡ ἀνοικοδόμησις πολλῶν Ὀρθοδόξων Προσκυνημάτων ὑπὸ τοῦ Ρωμηοῦ Αὐτοκράτορος Μανουήλ Κομνηνοῦ (1143 -1180), ἐνῷ καὶ οἱ σταυροφόροι, ἀφοῦ ἐπανήνεγκαν τὸν Πάνσεπτον Ναὸν τῆς Ἀναστάσεως εἰς σχεδὸν τὴν ἀρχικήν, πρὸ τοῦ 614, μορφήν, ἑνοποίησαν καὶ πάλιν τοὺς τέσσαρας Ναούς, τοὺς ὑπὸ τοῦ ἁγίου Μοδέστου ἱδρυθέντας (Ἀναστάσεως, Γολγοθᾶ, Ἀποκαθηλώσεως καὶ Εὑρέσεως), προσδώσαντες εἰς τὸ συγκρότημα τοῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως τὴν ἑνιαίαν μορφήν, τὴν ὁποίαν καὶ σήμερον διατηρεῖ.