Ἀναμφισβητήτως αἱ διεθνεῖς συνθῆκαι τῶν Παρισίων τὸ 1856 καὶ τοῦ Βερολίνου τὸ 1878 ἔθεσαν τέρμα εἰς τὴν προβληματικὴν κατάστασιν, ἥτις ἐκρατοῦσε εἰς αἰχμαλωσίαν τόσο τὸ Πατριαρχεῖον Ἱεροσολύμων ὅσο καὶ τὴν Ἁγιοταφιτικὴν Ἀδελφότητα. Ὁλόκληρον τὸ Ὀρθόδοξον ἱερατεῖον ἔπρεπε νὰ εὑρίσκεται εἰς ἑτοιμότητα καὶ εἰς συνεχῆ ἐγρήγορσιν, διεξάγον πολυμέτωπον ἀγῶνα ἐναντίον τῶν παρανόμων διεκδικητῶν τῶν προσκυνημάτων. Ὁ πολυμέτωπος ἀγὼν ἐξεφράζετο μὲ ποικίλους τρόπους: μὲ τὴν μετάβασιν εἰς Ὀρθοδόξους μακρινὰς χώρας διὰ ὁποιανδήποτε ὑλικὴν καὶ ἠθικὴν συμπαράστασιν, καθὼς καὶ τὴν παρεμπόδισιν τῆς ἐκδόσεως ἢ τῆς ἐφαρμογῆς σουλτανικῶν διαταγμάτων εὐνοϊκῶν διὰ Λατίνους καὶ Ἀρμενίους, ἀλλὰ καὶ τὴν ἐπιδίωξιν ἐκδόσεως ἀντιστοίχων ὑπὲρ τῶν Ὀρθοδόξων. Εἰς προσωπικὸν ἐπίπεδον ἀντιμετώπιζον τὸν κίνδυνον νὰ μεταβληθοῦν εἰς θύματα ἐπιθετικῶν ἐνεργειῶν.

Ἡ ἀποδέσμευσις λοιπὸν τοῦ Πατριαρχείου ἀπὸ τὸ ἄγχος τοῦ προσκυνηματικοῦ ζητήματος τοὺς ἔδιδε τὴν δυνατότητα νὰ ἀσχοληθοῦν μὲ ἄλλα πολὺ σοβαρὰ θέματα. Μετὰ τὸν αἰφνίδιον θάνατον τοῦ Ἱεροθέου, Πατριάρχης ἐξελέγη ὁ Ἀρχιμανδρίτης Φώτιος(1882), τὸν ὁποῖον ἡ ὑψηλὴ Πύλη δὲν ἀπεδέχθη καὶ ἐπέβαλε νέαν ἐκλογήν. Ἡ Ἱερὰ Σύνοδος ἐξέλεξε ὡς νέον Πατριάρχην τὸν μέχρι τότε ἀντιπρόσωπον τοῦ Παναγίου Τάφου εἰς τὴν Ρωσίαν Νικόδημον. Ἡ δραστηριότης του τόσο εἰς τὴν ἐπιβολὴν τῆς τάξεως εἰς τὴν Ἁγιοταφιτικὴν Αδελφότητα, ὅσο καὶ εἰς τὴν διαφύλαξιν τῶν Παναγίων προσκυνημάτων ὑπῆρξε ἀξιοθαύμαστος. Ἐμερίμνησε διὰ τὴν λειτουργίαν τῶν σχολείων τοῦ λαοῦ, τὴν Θεολογικὴν Σχολὴν τοῦ Τιμίου Σταυροῦ, προὐνόησε διὰ τὴν καταγραφὴν καὶ τὴν μεταφορὰν ὅλων τῶν πολυτίμων κωδίκων, οἱ ὁποῖοι εὑρίσκοντο εἰς τὴν βιβλιοθήκην τῆς Μονῆς τοῦ Τιμίου Σταυροῦ καὶ εἰς τὴν Λαύραν τοῦ Ἁγίου Σάββα, καὶ τὴν συγκέντρωσίν τους εἰς τὴν βιβλιοθήκην τοῦ Ἱεροῦ Κοινοῦ. Παρ’ ὅλας τὰς προσπαθείας του διὰ τὴν ὑπεράσπισιν τῶν δικαιωμάτων τῶν Ὀρθοδόξων εἰς τὰ ἱερὰ προσκυνήματα κατηγορήθη ὅτι ὡδήγησε τὴν Ἁγιοταφιτικὴν Ἀδελφότητα εἰς οἰκονομικὸν ἀδιέξοδον, καὶ μετὰ ἀπὸ μίαν δολοφονικὴν ἀπόπειραν ἐναντίον του, ὡδηγήθη οἰκειοθελῶς εἰς παραίτησιν. Μετὰ τὴν παραίτησιν του, Πατριάρχης ἐξελέγη ὁ Γεράσιμος (1891-1897) ὁ ὁποῖος ἐπέδειξε ἰδιαίτερον ζῆλον καὶ ἀγωνιστικότητα. Ἐκτὸς ἀπὸ τὸ ὀξύτατον οἰκονομικὸν πρόβλημα ἀντιμετώπισε τὸ πολύκροτον προσκυνηματικὸν ζήτημα, τὸ ὁποῖον ἐδημιούργησαν πρῶτον οἱ Λατίνοι καὶ ὕστερον οἱ Ἀρμένιοι εἰς τὸν Ναὸν τῆς Βηθλεὲμ σχετικῶς μὲ τὴν διάβασιν τοῦ Ὀρθοδόξου ἱερέως ἀπὸ τὴν βόρειον Πύλην τοῦ Ἁγίου σπηλαίου, τὴν διανομὴν ἀντιδώρου καὶ ἄλλα συναφῆ ζητήματα. Ἐφρόντισε διὰ τὴν ἀνάπτυξιν καὶ τὴν βελτίωσιν τῆς ἐκπαιδεύσεως μὲ τὴν ἀνασύστασιν καὶ πάλι τῆς Θεολογικῆς Σχολῆς τοῦ Τιμίου Σταυροῦ μὲ τὴν ἀρωγὴν τοῦ Σκευοφύλακος Εὐθυμίου.

Τὸν Πατριάρχην Γεράσιμον διεδέχθη ὁ Ἀρχιεπίσκοπος Φιλαδελφείας Δαμιανός (1897-1931).Ἡ πατριαρχία του ἦτο γεμάτη ἀπὸ γεγονότα καὶ ἀγῶνας, οἵτινες ὑποκινοῦντο τόσο ὑπὸ ξένων παραγόντων ὅσο καὶ ὑπὸ διαφωνούντων μελῶν τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος. Ἡ ἱκανότης του νὰ ἀντιμετωπίζῃ τοὺς ἑτεροδόξους, ἡ πολιτική του εὐστροφία καὶ ἡ ἐπιμονή του, ἐβοήθησαν εἰς τὴν διάσωσιν τῶν δικαιωμάτων τοῦ ἔθνους εἰς τὰ προσκυνήματα. Ἐπίσης ἐμερίμνησε διὰ τὴν ἐπισκευὴν ναῶν, σχολείων, νοσοκομείων καὶ ἄλλων εὐαγῶν ἱδρυμάτων. Μετὰ τὴν παρέλευσιν τεσσάρων περίπου χρόνων ἀπὸ τὸν θάνατον τοῦ Δαμιανοῦ, Πατριάρχης Ἱεροσολύμων ἐξελέγη ὁ μέχρι τότε Ἀρχιεπίσκοπος Ἰορδάνου Τιμόθεος (1935-1955), λόγιος ἱεράρχης καὶ ἄξιος ἐργάτης τῶν γραμμάτων. Ἡ διπλωματικὴ καὶ βαθεῖα του γνώσις διὰ τὰ πατριαρχικὰ θέματα τὸν ἔκαναν νὰ ἀναπτύξῃ πολυσχιδῆ δρᾶσιν. Ἀνήγειρε οἰκοδομήματα, ἀνηκαίνισε τὴν μεγάλην βασιλικὴν εἰς τὸ ὄρος τῶν Ἐλαιῶν. Συνετέλεσε εἰς τὴν ἐπισκευὴν τῆς ἱστορικῆς Μονῆς τοῦ Ἁγίου Σάββα, ἐνῶ παραλλήλως ἐγκατέστησε νέον πιεστήριον εἰς τὸ τυπογραφεῖον τοῦ Πατριαρχείου. Γενικῶς ὑπῆρξε ἀνυποχώρητος ὑπερασπιστὴς τοῦ Προσκυνηματικοῦ Καθεστῶτος. Τὸν Τιμόθεον διεδέχθη ὁ μέχρι τότε Ἀρχιεπίσκοπος Τιβεριάδος Βενέδικτος (1957-1980), ὁ ὁποῖος κατὰ τὴν μακρόχρονον πατριαρχίαν του ἀντιμετώπισε μὲ ἐπιτυχίαν τὴν ἔκρυθμον κατάστασιν, ἡ ὁποία ἀπειλοῦσε τὰ προνόμια τοῦ Πατριαρχείου καὶ τὴν θέσιν τῶν Ὀρθοδόξων εἰς τὴν Ἁγίαν Γῆν. Ἔτσι μὲ προσωπικήν του παρέμβασιν εἰς τὸν βασιλέα τῆς Ἰορδανίας ἐπέτυχε τὸ 1958 τὴν ἔκδοσιν νόμου, μὲ τὸν ὁποῖον ἀνεγνωρίσθη ἡ κυριότης τῆς Ἁγιοταφιτικῆς Ἀδελφότητος καὶ ἡ διασφάλισις τῶν περιουσιακῶν στοιχείων τοῦ Πατριαρχείου. Παραλλήλως ὠργάνωσε τὴν ἐσωτερικὴν διοίκησιν τοῦ Πατριαρχείου καὶ συνέβαλε εἰς τὴν διατήρησιν τῶν προσκυνημάτων. Τὸν Βενέδικτον διεδέχθη εἰς τὸν Πατριαρχικὸν θρόνον ὁ μέχρι τότε Ἀρχιεπίσκοπος Ἱεραπόλεως Διόδωρος (1981-2000). Ἀπὸ τὴν ἀρχὴν ἐπεδόθη εἰς τὴν ἀνέγερσιν καὶ ἀνακαίνισιν ναῶν καὶ κτισμάτων, καθὼς καὶ εἰς τὴν ἀξιοποίησιν τῆς πατριαρχικῆς περιουσίας. Συνετέλεσε εἰς τὴν στέγασιν τῆς Βασιλικῆς τῆς Γεννήσεως εἰς τὴν Βηθλεὲμ καθὼς καὶ εἰς τὴν συνέχισιν τῶν ἐργασιῶν τῆς ἀναστηλώσεως τοῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως.

Εἰς τὸν κεντρικὸν δρόμον, ὁ ὁποῖος συνδέει τὴν Ἱερουσαλὴμ μὲ τὴν Βηθλεὲμ εὑρίσκεται τὸ μοναστήριον τοῦ Προφήτου Ἠλία. Παραδόσεις θέλουν τὸ σημεῖον νὰ ἀποτελῇ τὸ μέρος, εἰς τὸ ὁποῖον ὁ προφήτης Ἠλίας ἐκρύφθη ἀπὸ τὴν ὀργὴν τῆς Ἰεζαβέλ, ἐνῶ συμφώνως πρὸς ἄλλας εἶναι ὁ τόπος, εἰς τὸν ὁποῖον οἱ Μάγοι ἐπανεῖδον τὸν ἀστέρα τῆς Γεννήσεως μετὰ τὴν συνάντησίν τους μὲ τὸν βασιλέα Ἡρώδην εἰς τὴν Ἱερουσαλήμ. Ἐπίσης λέγεται ὅτι εἶναι ὁ τόπος, εἰς τὸν ὁποῖον ἡ Παναγία καὶ ὁ Ἰωσὴφ ἐκάθισαν νὰ ξεκουραστοῦν κατὰ τὸ ταξίδι τους πρὸς τὴν Βηθλεέμ. Τὸ Κάθισμα, ὅπως λέγεται τὸ προσκύνημα, ὑπῆρχε εἰς τὴν περιοχήν, ἐπάνω εἰς τὸ ὁποῖον ἐκτίσθη ἐκκλησία καὶ μοναστήριον τὸν 5ον αἰῶνα.